Luego de realizar el sorteo, quedaron definidos los 2 grupos de cuadrangulares del Torneo Águila 2016, en los cuales los clubes disputarán por ascender a la Liga Águila de 2017. Los grupos quedaron conformados de la siguiente manera:

Grupo A

Deportivo Pereira

 Leones F.C.

 Tigres F.C.

 Bogotá F.C.

Grupo B

 América

 Real Cartagena

 Universitario de Popayán

 Deportes Quindío