Juan Gilberto Funes dejó su nombre estampado en la historia del Fútbol Profesional Colombiano y, desde luego, en el club capitalino: Millonarios FC, donde militó de de 1984 a 1986.

El «búfalo de San Luis»- como era apodado por los hinchas albiazules- debutó a los 21 años un 24 de septiembre de 1984 frente a Deportivo Cali; el conocido «clásico añejo».

Aunque pasó 12 fechas sin convertir, el 18 de noviembre marcó el gol 2.999 y 3.000 en la trayectoria del conjunto «embajador», lo que significó un gran suceso para los bogotanos.

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En 1985 el artillero logró un récord en el balompié nacional, cuando anotó 15 goles en 14 partidos durante la fase octogonal del campeonato.

El atacante jugó 88 partidos y convirtió 44 dianas en total. Luego de su paso por Colombia, decidió partir a tierras argentinas, país en el que alzó la Copa Libertadores con River Plate en 1986.